《碣石调幽兰》:孔子周游列国，没有一国肯重用他。在归途中见到幽谷中盛开的兰花，于是感慨地说：兰花本是香花之王，如今却和杂草丛生在一起，正象贤德的人生不逢时一样，并弹琴作了《幽兰》。《幽兰》是至今仅存的一首用原始文字谱保留下来的琴曲。
《获麟》:原谱出现于《神奇秘谱》。根据记谱法和乐曲结构，可以看出与后期琴曲有显著的差别，可能是较古老的作品。鲁哀公时，有人捕获了一只麟，但是使它受了伤。孔子去看了以后，感到很悲伤，认为这种祥瑞的动物是出其非时而见害。乐曲以羽调式为基础，交替出现徵调式和宫调式。运用泛音与散音交织成曲调，在很多地方使用了双音，包括：八度、五度、三度、二度、同度等。在形式上很有特点。
《高山、流水》:伯牙弹琴可以表现出他的“巍巍乎志在高山”或是“洋洋乎志在流水”，而他的好友钟子期完全能够准确地领略到他的音乐表现。唐以后，发展为《高山》与《流水》两个独立的琴曲。其中《流水》一曲，在近代得到更多的发展，特别是《天闻阁琴谱》中所载川派张孔山的《流水》。由于它充分运用了“滚、拂”等指法，进一步表现了流水中奔腾澎湃的效果。
《长清》:晋代嵇康作《长清》、《短清》、《长侧》、《短侧》，总称为《嵇氏四弄》，它们与蔡邕的《蔡氏五弄》合称“九弄”。《长清》的内容是借雪的洁白无尘以自比。
《梅花三弄》:晋隋以来有此笛曲。后经唐代琴家颜师古改编为琴曲，曲谱初见于《神奇秘谱》。乐曲的名称来由，源自前半部的泛音曲调在不同的徽位上作三次的重复，用来描绘梅花的清雅高洁。乐曲的后半部则用稍快的曲调再加上音色的变化，来表达梅花在寒风中迎风摇曳的坚毅不屈的形态。
《阳关三叠》:唐代诗人王维作《送元二使安西》，流传甚广，被入乐唱咏之余更被谱为琴曲，是为《阳关三叠》。此曲初见于《浙音释自琴谱》，旋律在稍加变化后重复三次，以表达一唱三叹、依依惜别的真挚感情。
《醉渔唱晚》:唐代诗人皮日休、陆龟蒙泛舟松江，听渔人醉歌而作此曲。曲谱初见于《西麓堂琴统》。音乐利用切分结构、滑音指法和音型的重复来表现豪放不羁的醉态。其中有表现放声高歌的音调和类似于摇橹声的音调。全曲素材精练，结构严谨。
《渔歌》、《樵歌》:南宋末年著名琴师毛敏仲最有影响的两首作品。《渔歌》表现柳宗元“唉乃一声山水绿”的诗意，曾名《山水绿》;《樵歌》原名《归樵》。这两个作品在名称改变的同时，音乐本身也经浙派徐门不断加工，精益求精。乐曲中运用主题贯穿和转调等手法，显示出作曲艺术的新水平。
《阳春》:《阳春白雪》被称为曲高和寡的代表作品，后来被分成两个不同的作品。《神奇秘谱》的解题中说它“取万物知春，和风淡荡之意”。
《酒狂》:曹魏末期，在司马氏的恐怖统治下，名人学士很难保全自己。阮籍叹“道之不行，与时不合”，只好“托兴于酒”，借以掩饰自己。传说此曲是他的作品。乐曲通过醉酒的神态，抒发了内心愤懑不安的情绪。
《渔樵问答》:存谱初见于《杏庄太音续谱》。乐曲中通过渔樵对话的方式，在清山绿水之间赞美自然风光。曲中有一些悠然自得的乐句重复或移位再现，形成了问答的对话效果。还有一些模拟摇船和砍树的效果，造成了对渔樵生活的联想。近代《琴学初津》中说它“曲意深长，神情洒脱，而山之巍巍，水之洋洋，斧伐之丁丁，橹声之唉乃，隐隐现于指下，至问答之段，另人有山林之想。”《潇湘水云》：作者郭楚望，南宋末年著名琴师。由于当时政治腐败不堪，对异族的侵略无能为力，作者在潇、湘水畔北望九嶷山北云雾所遮蔽，有感于时势，作此曲以表达他忠贞抑郁的情绪。乐曲中运用按指荡吟的手法，以及不同音色迭次呼应等手法所创造的水光云影、烟雾缭绕的艺术境界，十分吸引人。
《普安咒》:又名《释谈章》，初见于《三教同声琴谱》。根据琴谱旁的梵文字母的汉字译音来看，象是帮助学习梵文发音的曲调。古代曾有普安禅师，也可能是此曲的作者。乐曲使用了较多的撮音，帮助音乐造成了古刹闻禅、庄严肃穆的气氛。曲式上不同于一般琴曲，有些类似于丝竹曲中曲牌联结的形式。
《良宵引》:初见于《松弦馆琴谱》，为虞山派代表曲目。乐曲虽短小，却有器乐化的特点。是一曲美好夜晚的赞歌。
《平沙落雁》:初见于《古音正宗》等琴谱中，近三百年来流传极为广泛，形成了多种多样的变化。乐曲描写在秋高气爽之季，雁群在天空飞鸣，然后歇落沙滩的情景，借乐曲淡雅恬静的意境引出与世无争的思想。
《鹿鸣》:古琴曲，为《诗经-小雅》首篇，也是汉代仅存雅歌四篇之一。蔡邕《琴赋》、《琴操》均有此曲目。明代张廷玉将此曲收入《理性元雅》琴谱，直至清末仍有刊传。
《广陵散》:又名《广陵止息》。现存琴谱最早见于《神奇秘谱》，该书编者说，此谱传自隋宫，历唐至宋，辗转流传于后。谱中分段小标题有“取韩”、“投剑”等目。近人因此认为它是源于《琴操》所载《聂政刺韩王曲》。现存曲谱共四十五段，其中头尾几部分似为后人所增益，而正声前后三部分则很有可能保留着相和大曲的形式。
《大胡笳》:唐代的著名琴家董庭兰、薛易简都擅弹此曲。当时与《小胡笳》并称《胡笳两本》。初唐琴坛流行的祝家声、沈家声，就以这两曲著称。董庭兰继承了两家的传统，整理了传谱。该曲现存于《神奇秘谱》中，共十八段。
《小胡笳》:唐代著名琴曲，与《大胡笳》并称《胡笳两本》。《神奇秘谱》将它编入《太古神品》。它的谱式更多地保留了早期琴曲的面貌，与《广陵散》章法非常接近，对了解古代琴曲作品提供了难得的实例。
《鸥鹭忘机》：内容原来表现《列子》中一则寓言：渔翁出海时，鸥鹭常飞下来与之亲近，后来他受人指使，存心捕捉它们，鸥鹭就对他疏远了。清代的《鸥鹭忘机》则是一首动听的抒情小品，表现了“海日朝晖，沧江夕照，群鸟众和，翱翔自得”。
